อำเภอท่าปลาในอดีต เป็นเขตการปกครองขึ้นอยู่กับจังหวัดน่าน โดยรวมแขวงศรีสะเกษกับแขวงท่าปลา เข้าด้วยกัน แต่เนื่องจากการติดต่อระหว่างจังหวัดน่านกับอำเภอท่าปลาไม่สะดวก เพราะระยะทางไกลมาก ในปี พ.ศ.๒๔๖๖ จึงได้โอนมาขึ้นกับจังหวัดอุตรดิตถ์ ตัวอำเภอ (เก่า)ตั้งอยู่บริเวณทางเข้าอุทยานลำน้ำน่านบ้านห้วยเจริญ หมู่ที่ ๘ ตำบลผาเลือด ในอดีตการคมนาคมติดต่อระหว่างอำเภอท่าปลากับจังหวัดอุตรดิตถ์ ติดต่อได้ ๒ ทาง คือ ทางน้ำโดยใช้เรือถ่อ ล่องลงมาตามน้ำน่าน ใช้เวลาเดินทาง ๔ วัน ทางบกใช้เวลาเดินทาง ๒ วัน ผู้ดำรงตำแหน่งนายอำเภอท่านแรกคือ ขุนศรีธานี(เลื่อน) ดำรงตำแหน่งระหว่าง ร.ศ.128 - 130

อำเภอท่าปลาเดิมเรียกว่า“ทับป่า”เนื่องจากในสมัยที่อำเภอท่าปลายังขึ้นอยู่กับจังหวัดน่านนั้นข้าหลวงจากกรุงเทพมหานครได้มาตรวจราชการและปลูกที่พัก (ทับ) ขึ้นในป่าสำหรับเป็นที่พักอาศัยระหว่างตรวจราชการ จึงเรียกว่า“ทับป่า”นานเข้าก็เพี้ยนไปเป็น “ท่าปลา” ซึ่งยังปรากฏหลักฐานว่ามีชื่อหมู่บ้านทับป่า หมู่บ้านทับหลวง ปัจจุบันทั้งสองหมู่บ้านจมอยู่ใต้น้ำเมื่อมีการสร้างเขื่อนสิริกิติ์ ยังคงเหลือชื่อให้ปรากฏในปัจจุบัน คือ บ้านปากทับ